Analyses van de detectielimieten van de nanopore amplicon-sequencing-assay bij het detecteren van Escherichia coli of Candida albicans van lichaamsvloeistofmonsters. (A, Correlaties tussen de uitlezingen van het pathogeen gedetecteerd door nanopore amplicon-sequencing en de verdunningsgradiënt van pathogenen verrijkt met negatief sputum; B, Correlaties tussen de relatieve abundantie van het pathogeen gedetecteerd door nanopore amplicon-sequencing en de verdunningsgradiënt van pathogenen met een negatieve piek sputum). Credit: Grenzen in cellulaire en infectiemicrobiologie (2022). DOI: 10.3389/fcimb.2022.943859
Er is een nieuwe methode ontwikkeld voor de snelle detectie van microben van kankerpatiënten. Het is ontwikkeld door een gezamenlijk onderzoeksteam onder leiding van prof. Gu Hongcang van de Hefei Institutes of Physical Science (HFIPS) van de Chinese Academy of Sciences (CAS).
De methode, gebaseerd op op nanoporiën gebaseerde technologie, werd gerapporteerd in een artikel in Grenzen in cellulaire en infectiemicrobiologie.
Immuungecompromitteerde kankerpatiënten zijn vatbaar voor verschillende microbiële infecties en hebben een hoger sterftecijfer dan patiënten met andere infecties. Daarom is vroege identificatie van micro-organismen essentieel voor de implementatie van anti-infectieuze therapie bij patiënten.
In deze studie verzamelden de onderzoekers monsters van 56 immuungecompromitteerde kankerpatiënten met verdachte infecties. De monsters omvatten bloed en sputum.
Ze isoleerden microben en genereerden op amplicon gebaseerde sequencing-bibliotheken en sequeneerden de bibliotheken met behulp van de Oxford Nanopore MinION, een draagbare sequencer van 90 g. Nanopore-sequencing toonde een significant hogere gevoeligheid dan die van de conventionele kweekmethode. Dit voordeel bestond zowel in bloedmonsters als niet-bloedmonsters.
Vergeleken met traditionele methoden toonde de nanopore-amplicon-sequencingmethode meer monsters met bacteriële infecties, infecties van veeleisende pathogenen en co-infecties. De gemiddelde doorlooptijd was ongeveer 17,5 uur, veel korter dan de conventionele kweektest.
“Deze methode is snel en nauwkeurig,” zei Gu Hongcang, eerste auteur van de studie, “het kan ziekteverwekkers detecteren bij immuungecompromitteerde kankerpatiënten met vermoedelijke infecties.”
Deze nieuwe en hooggevoelige methode zou de prognose van kankerpatiënten met een lage immuunfunctie verbeteren door de snelle diagnose van infecties en de implementatie van tijdige en nauwkeurige anti-infectieuze behandelingen te vergemakkelijken.
Meer informatie:
Qingmei Deng et al, Nanopore-gebaseerde metagenomische sequencing voor de snelle en nauwkeurige detectie van pathogenen bij immuungecompromitteerde kankerpatiënten met vermoedelijke infecties, Grenzen in cellulaire en infectiemicrobiologie (2022). DOI: 10.3389/fcimb.2022.943859
Geleverd door de Chinese Academie van Wetenschappen
